主な違い PCR プライマーとシーケンス プライマーの違いは、アンプリコンを取得するための PCR 増幅に PCR プライマーが重要であるのに対し、シーケンス プライマーは DNA フラグメントをシーケンスしてそのヌクレオチド配列を明らかにするために重要であるということです。 さらに、2 つの PCR プライマー。 PCR ではフォワード プライマーとリバース プライマーが使用されますが、シーケンシングには 1 つのシーケンシング プライマーが必要です。さらに、PCRプライマーは増幅される配列に特異的ですが、シーケンシングプライマーは常に標的DNA配列に関連しているわけではありません。
PCR プライマーとシーケンシング プライマーは、in vitro での DNA 合成の開始を助ける 2 種類の短いオリゴヌクレオチド配列です。 .
対象となる主な分野
1. PCR プライマーとは
– 定義、特徴、機能
2. シーケンシング プライマーとは
– 定義、特徴、機能
3. PCR プライマーとシーケンシング プライマーの類似点
– 共通機能の概要
4. PCR プライマーとシーケンシング プライマーの違い
– 主な相違点の比較
主な用語
フォワード プライマー、PCR プライマー、リバース プライマー、シーケンシング プライマー 
PCR プライマーとは
PCR プライマーは、in vitro での DNA 合成の開始を促進する役割を担う短い DNA 配列です。 ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）と呼ばれるプロセスで。一般に、DNA ポリメラーゼは DNA の合成を担う酵素です。ただし、DNA 複製の開始には 3' OH 末端が必要です。したがって、RNA プライマーゼは in vivo で合成する酵素です。 DNA 複製開始点の短い RNA プライマー。一方、in vitro 試験では PCR における DNA 合成では、DNA プライマーが使用されます。
種類
さらに、特定の PCR 反応に使用されるプライマーには 2 種類あります。それらはフォワードプライマーとリバースプライマーです。通常、フォワードプライマーは、二本鎖 DNA のアンチセンス鎖をアニールします。対照的に、リバースプライマーはセンス鎖にアニールします。一般に、アンチセンス鎖は 3' から 5' 方向に伸び、センス鎖は 5' から 3' 方向に伸びます。ただし、フォワード プライマーとリバース プライマーは、増幅されるターゲット DNA 配列に隣接します。
図 1:フォワード プライマーとリバース プライマー
プライマーデザイン
PCR プライマーの設計は、ターゲット DNA 配列を増幅する PCR 反応を成功させるための重要なステップです。基本的に、PCR プライマーの長さは 18 ～ 22 塩基である必要があります。また、GC 含有量は 50 ～ 55% である必要があります。これらに加えて、プライマーは 3' 末端に GC ロックが必要です。さらに、プライマーの融解温度は 50 ～ 55 °C にする必要があります。その上、ポリ塩基領域、二次構造、およびプライマーダイマー形成は、プライマーで発生してはなりません。
シーケンシング プライマーとは
シーケンシング プライマーは、シーケンシング反応の開始を容易にするプライマーです。一般に、サンガー シーケンスと「次世代」DNA シーケンスの両方でプライマーが必要です。たとえば、DNA 分子ごとに 2 つの相補的な DNA 鎖があります。したがって、特定の DNA フラグメントには 2 つの配列があります。センス配列とアンチセンス配列。それでも、シーケンシング反応中は、単一の DNA 鎖のみがシーケンシングを受けます。これにより、配列決定反応に使用されるプライマーは 1 つだけです。しかしながら、このプライマーはフォワードプライマーまたはリバースプライマーのいずれかであり得る。
図 2:サンガー シーケンスにおけるシーケンス プライマーの役割
さらに、2 つのシーケンス反応の 1 つでフォワード プライマーとリバース プライマーを別々に使用して、2 つの別々のシーケンス反応で DNA フラグメントの両方の鎖をシーケンスすることができます。また、シーケンシング プライマーは、フォワード プライマーやリバース プライマーのように、必ずしもターゲット DNA 配列に隣接する必要はありません。つまり、シーケンシング プライマーは、ベクター バックボーンの配列にもアニーリングできます。シーケンス用のベクター バックボーン上のユニバーサル プライマーの例には、T7、SP6、M13 リバース、CMV フォワードなどがあります。
PCR プライマーとシーケンシング プライマーの類似点
- PCR プライマーとシーケンス プライマーは 2 種類ありますプライマーの。
- どちらも短いオリゴヌクレオチド配列です。
- 彼らは DNA の開始を担当しています合成 in vitro DNAの相補配列に結合することによって。
PCR プライマーとシーケンシング プライマーの違い
定義
PCR プライマーは、PCR 反応で使用される一本鎖 DNA の短い断片を指し、シーケンシング プライマーは、シーケンシング反応で DNA 合成を開始するために使用される短いヌクレオチド配列を指します。
主な目的
PCR プライマーは PCR 増幅でアンプリコンを取得するために使用され、シーケンシング プライマーは DNA フラグメントをシーケンシングしてそのヌクレオチド配列を明らかにするために使用されます。
種類
2 つの PCR プライマー。 PCRではフォワードプライマーとリバースプライマーが使用されますが、シーケンシングには単一のシーケンシングプライマーが必要です。
特異性
PCR プライマーは増幅する配列に特異的ですが、シーケンシング プライマーは常にターゲット DNA 配列に関連しているわけではありません。
制限サイト
PCR プライマーには制限部位が含まれている場合がありますが、シーケンス プライマーには制限部位が含まれていません。
縮退
PCR プライマーは縮重プライマーである可能性がありますが、シーケンス プライマーは縮重していません。
結論
PCR プライマーは、ターゲット DNA 配列を増幅するための PCR 反応で使用される 2 種類のプライマーです。また、2種類のPCRプライマーには、フォワードプライマーとリバースプライマーが含まれます。重要なことに、2 つのプライマーはターゲット DNA 配列に隣接し、各 DNA 鎖の合成の開始を促進します。対照的に、シーケンシング プライマーは、シーケンシング反応中に相補的な DNA 鎖の合成を開始するのに役立つプライマーです。ただし、シーケンス反応では単一のプライマーのみが使用されます。したがって、PCR プライマーとシーケンス プライマーの主な違いは、その目的と使用法です。
