混合集団は、2 つ以上の祖先の寄与の割合が異なるため、遺伝的関連研究において特別な課題をもたらします。ケースコントロール研究の古典的なデザインでは、疾患と健康な被験者間の対立遺伝子頻度が比較されます。ただし、原因となる遺伝子座に関連しない疑似関連 未測定の母集団部分構造によって取得できます。観察されない交絡効果の問題は、調査対象の集団が、対立遺伝子頻度が異なり、疾患リスクがケースとコントロールで等しく表されていないいくつかの祖先亜集団で構成されている場合に発生します。この対立遺伝子頻度の偏りにより、統計分析中に偽陽性の関連が生じる可能性があります。
これを解決する最も一般的な方法は、一連の祖先情報マーカー (AIM) を適用することです。つまり、異なる対立遺伝子頻度を示すマーカー (d ) 母集団の任意のペアで 30% を超えており、ケース グループとコントロール グループの両方で祖先を推測し、母集団の層別化のために分析を調整します。
750,000 の一塩基多型 (SNP) を含む全ゲノム DNA マイクロアレイ (Cytoscan HD アレイ、Affymetrix) を使用して、ブラジルの人口の祖先構成を正確に評価できる 345 のマーカーを報告しました。
345 SNP-AIM パネルの 2 段階検証を実行し、別の AIM パネルとアレイからの ~70K SNP を使用して祖先の寄与を推定しました。 345 SNP-AIMs パネルは、発生率が祖先の影響を受ける疾患を研究するために、細胞遺伝学的研究および分子遺伝学で広く使用される可能性があります。祖先を推測するためにAIMのパネルを使用するもう1つの注目すべき利点は、統計ロジスティック回帰モデルの独立変数として、各親コンポーネントの個々の割合の情報を挿入することです。これは、ケースコントロール研究で祖先の修正を行うのに特に適しています。
私たちの研究では、SLE との症例グループの祖先を比較するパネルの適用を実証しました。 健康的なコントロール。 345 の SNP-AIM のセットに基づく祖先の推定では、両方のグループにヨーロッパの先祖からの主要な貢献があり、アフリカ系とアメリカインディアンがそれに続くことが示されました。ヨーロッパとアフリカの祖先の有意な違いが2つの異なるグループ間で検出されましたが、患者とコントロールはヨーロッパの主要なゲノムの貢献を示しています。 SLE 患者は健康な被験者 (13%) よりもアフリカの貢献 (22%) が高く、一方、対照群は SLE 患者よりも 12% 高いヨーロッパの貢献を示しました。この違いは、症例群と対照群の間で検出された中程度の母集団の下部構造に光を当てます.
また、自己宣言された祖先と個々の遺伝的背景との間の相違を強調しました。 SLE患者の遺伝的祖先と自己申告された祖先との比較では、白人のアフリカ系アメリカ人および黒人のヨーロッパ系アメリカインディアンを含む、申告されていない祖先の背景の少なくとも30％が示されました。この発見は、表現型の特徴を持つ個人の認識を使用することに加えて、遺伝子マーカーに基づいて祖先を評価することがいかに重要であるかを強調しています.
簡単に言えば、人口層別化に起因する誤った関連性は、345 SNP-AIMs パネルをケースコントロール研究で祖先を推測するための直接的かつ効率的な方法として使用することで回避できる可能性があります。
この研究、ゲノムワイドなヒト配列を使用して集団層別化を推定する Ancestry の有益なマーカー パネルは、ジャーナル Annals of Human Genetics に最近掲載されました。 .
