遺伝資源バンク (ex situ 抵抗性の種子の場合の保存）は、あらゆる作物の遺伝的多様性を保護および維持するために不可欠な役割を果たし、新しい品種を取得するための情報源です.これらのコレクションは、適切に保存され、研究者やブリーダーのツールとして利用できるように、十分に特徴付けられている必要があります。遺伝資源バンクが巨大になると、取り扱い、スペース、コストなどの問題につながります。
これは、扱いにくい種子を持ち、生きた植物として維持する必要がある果樹にとって特に重要です。したがって、最小限の登録数でバンク全体の遺伝的多様性を維持する縮小サイズのサブコレクションを見つけることが重要です。これはコアコレクション (CC) と呼ばれます。これらの CC により、関心のある任意の文字の研究が可能になり、遺伝的関連研究を実行することさえできます.
柑橘類は、世界で最も重要な果物作物の 1 つです。それは、プメロ、シトロン、パペダ、およびマンダリンの4つの基本的な分類群によって形成されます。みかん園芸グループ (Citrus reticulata ) は、現在栽培されているスイート オレンジ、サワー オレンジ、クレメンタインなどを含む自然種間雑種の発生に関与している遺伝子型間の高い変動性と混合物を持っています。 2 つの最も重要な柑橘類コレクション (IVIA、スペイン、INRA/CIRAD、フランス) から合計 167 の遺伝子型が分子マーカー (SSR、インデル、および SNP) で特徴付けられ、18 の IPGRI (国際植物遺伝資源研究所) 記述子を使用して表現型が決定されました。 .
この研究では、いくつかのソフトウェア パッケージ (DARWin、PowerMarker、および MSTRAT) とメソッド (最大長サブツリー、M 戦略、シミュレーテッド アニーリング、および MinSD) を比較して、2 つの異なる目的でマンダリン CC を定義しました。最小数のサンプル、および遺伝的関連研究 (低値および急速な連鎖不平衡 (LD) 減衰) を可能にします。チェックされた主なパラメーターは、初期コレクションの遺伝的変異性 (Ho および He)、LD のレベル、および得られた CC を検証するために使用された表現型の多様性の保持でした。
DARWin ソフトウェアの最大長サブツリー関数 (ML) は、マンダリンで CC を確立するための最も適切な方法のようです。最初のコレクションのサイズの 17.96% を表す 30 の登録のみで、対立遺伝子の豊富さの 96.82% を維持しました。さらに、初期コレクションの LD (r 値) を増加させず、表現型の変動性の大部分を保持していたため、経済的に重要な特性 (病気や害虫に対する耐性、または果実の品質パラメーター) に焦点を当てた研究に使用できました。 /P>
ただし、70 の登録を持つ CC は、遺伝的関連研究により役立ちます。 MLsubtree サンプリング法は柑橘類に適していたため、遺伝資源の効率的な管理を促進するために他の種に適用できます。最後に、CC をより動的にするために、他の興味深い遺伝子型や新しい分子マーカーを選択したサブセットに含めることができるため、CC は定期的に改訂する必要があります。
分子および表現型データに基づくマンダリン遺伝資源のコア コレクション サンプリング方法の比較分析という研究は、Annals of Applied Biology 誌に最近掲載されました。 .
