1。単純化すぎる： Linnaeanシステムは、分類のために形態学的（物理的）特性に大きく依存しています。ただし、このアプローチは誤解を招く可能性があります。
* 収束進化： さまざまな進化系統の生物は、同様の環境に適応するために同様の特徴を開発できます。これは、形態のみが考慮される場合、誤分類につながります。
* 種内のバリエーション： 単一の種内で大きな変動が発生する可能性があり、物理的特性のみを使用して明確な境界を定義することは困難です。
* 隠された多様性： Linnaeanシステムは、進化的な観点からは重要な種の微妙な違いを見落としていることがよくあります。
2。新しい発見に対応するのが難しい： 新種の発見と進化的関係の理解の高まりは、リンネシステムの厳格な階層構造に挑戦します。既存のフレームワークを混乱させることなく、新しい情報を統合することは困難です。
3。進化的視点の欠如： Linnaeanシステムは、生物間の類似性と違いに焦点を当てていますが、進化の歴史と関係を明示的に説明していません。これは、その起源とつながりについての誤解を招く解釈につながる可能性があります。
4。分子データの使用の限られた使用： Linnaeanシステムは、分子生物学の出現前に開発されました。 DNAシーケンスから利用可能な豊富な情報を効果的に利用していません。これは、進化的関係をより深く理解することを提供します。
5。種を定義するための不明確な基準： Linnaeanシステムは、特にハイブリダイゼーションまたは連続変動の場合に、種を構成するものを定義するのに苦労しています。このあいまいさは、分類における矛盾につながる可能性があります。
これらの問題に対処するために、現代の生物学者は代替分類システムに目を向けています：
* 系統分類： このシステムは、しばしば分子データに由来する共有された祖先に基づいて進化的関係を使用して、生物を組織化します。
* cladistics： 進化的関係を決定するための共有派生キャラクター（Synapomorphies）に焦点を当てた分類方法。
* 統合分類法： このアプローチは、形態学的、分子的、生態学的データを組み合わせて、生物多様性のより包括的な理解を提供します。
Linnaeanシステムは、基本的な識別と組織のための有用なツールのままですが、生物多様性の理解の複雑さの増加は、より洗練された動的な分類システムを必要とします。
