その理由は次のとおりです。
* 内共生理論： 内膜症の理論は、ミトコンドリアはかつてより大きな原核生物細胞に包まれていた自由生活菌であることを提案しています。時間が経つにつれて、共生関係が発達し、細菌がエネルギー（呼吸を通じて）を提供し、宿主細胞が保護と資源を提供します。これにより、最終的に細菌が真核細胞内にミトコンドリアとして組み込まれるようになりました。
* 細菌との類似性： ミトコンドリアは、以下を含む多くの類似点を細菌と共有しています。
* サイズと形状： それらはバクテリアとサイズが似ており、しばしば棒のような形をしています。
* 二重膜： ミトコンドリアには、細菌の細胞壁と原形質膜に似た2つの膜があります。
* DNAおよびリボソーム： ミトコンドリアには、真核生物細胞質に見られるものよりも細菌リボソームよりも類似した独自の円形DNA分子（細菌など）とリボソームがあります。
* 複製： ミトコンドリアは、バクテリアの繁殖方法であるバイナリ核分裂と同様のプロセスを通じて、真核細胞内で独立して複製します。
これらの類似性は、ミトコンドリアが自由生活菌に由来するという理論を強く支持しています。これは、原核生物の祖先からの真核細胞の進化起源の説得力のある証拠を提供します。
