* 核： これは、DNAを含む最も顕著で有名なオルガネラです。細胞の遺伝物質の大部分を染色体の形で収容しています。
* ミトコンドリア： しばしば「細胞の発電所」と呼ばれるこれらのオルガネラは、核DNAとは別の独自の円形DNA分子を持っています。このミトコンドリアDNA（mtDNA）は、細胞呼吸に関与するタンパク質のいくつかをコードします。
* 葉緑体： 植物細胞のみで見つかったこれらのオルガネラは、光合成の原因です。また、光合成やその他の葉緑体機能に関与するタンパク質をコードする葉緑体DNA（CpDNA）として知られる独自の円形DNA分子も含まれています。
これらは独自のDNAを持つ主要なオルガネラですが、他のいくつかのオルガネラにはDNAの痕跡があるかもしれないことは注目に値しますが、これらのオルガネラの決定的な特徴とは考えられていません。
