その理由は次のとおりです。
* 内共生理論： 真核生物の進化の一般的な理論は、ミトコンドリアはかつてより大きな原核生物細胞に包まれていた自由生活菌であると述べています。時間が経つにつれて、細菌がエネルギー（細胞呼吸を通じて）を提供するバクテリアと保護と資源を提供する宿主細胞とともに、共生関係が発達しました。
* 細菌との類似性： ミトコンドリアは独自のDNA（mtDNA）を持っています。これは円形で、構造が細菌DNAに似ています。彼らはまた、真核細胞の細胞質に見られるものよりも細菌リボソームに似た独自のリボソームを持っています。
* 独立した複製： ミトコンドリアは、宿主細胞とは独立して複製することができ、かつて自由生活生物であったという考えをさらに支えています。
葉緑体のような他のオルガネラ（植物細胞）も内共生理論をサポートしますが、ミトコンドリアは原核細胞からの真核細胞の進化の強力な証拠を提供する主要なオルガネラです。
