その理由は次のとおりです。
* 構造と機能の類似性： ミトコンドリアとアルファプロテオバクテリアは、その構造と機能に顕著な類似点を共有しています。どちらも二重膜を持ち、独自のDNA（mtDNA）を含み、タンパク質合成とエネルギー生産に同様のメカニズムを使用しています。
* 内共生理論： Lynn Margulisによって提案された内共生理論は、ミトコンドリアがかつて原始的な真核細胞に飲み込まれた自由生活細菌であったことを示唆しています。 時間が経つにつれて、バクテリアが宿主細胞にエネルギーを提供し、宿主細胞が保護と安定した環境を提供する場所で共生関係が発生しました。
* 遺伝的証拠： mtDNAには、細菌DNAと同様の円形構造があり、核DNAよりもアルファテオ糖症DNAの類似性をより多く共有しています。
* 系統発生的証拠： ミトコンドリアおよび細菌ゲノムの系統解析は、ミトコンドリアとアルファプロテオバクテリアの間の密接な進化的関係を強く示唆しています。
ミトコンドリアの正確な祖先は依然として議論の問題ですが、証拠は圧倒的に最も可能性の高い候補者としてのアルファプロテオバクテリアを指摘しています。
