* 普遍性： DNAは、実質的にすべての生きている生物に存在する生命の基本的な青写真です。この共有遺伝コードは、それらがどれほど遠く関連するかに関係なく、種間で直接的な比較を可能にします。
* 保存： 突然変異は時間の経過とともに発生しますが、一部のDNA配列は種全体で高度に保存されており、基本的な細胞機能に不可欠であることを示唆しています。これらの保存された領域は、比較のための安定した基準点を提供します。
* 突然変異の蓄積： 時間が経つにつれて、変異はDNA配列に蓄積します。変異の数と種類は、種の進化の歴史を反映しており、共通の祖先からの発散以来の時間を推定する分子時計を提供します。
* 共有祖先： より密接に関連する2つの種があるほど、DNA配列はより類似しています。これは、彼らがより最近の共通の祖先を共有しており、独立した変異を蓄積する時間が少ないためです。
* 遺伝子の複製と損失： DNA比較により、重複した遺伝子の存在が明らかになり、その後、分析して進化の歴史を追跡し、潜在的な機能的変化を推測できます。さらに、遺伝子喪失は進化的関係を示すこともあります。
* 水平遺伝子導入： 真核生物ではあまり一般的ではありませんが、DNA比較は、無関係な生物間で遺伝物質が交換される水平遺伝子導入（HGT）の例を明らかにすることもできます。これにより、進化が進むことができる複雑な方法に関する洞察が得られます。
化石記録、解剖学、または行動などの他の証拠とは対照的に、DNA比較は進化史の直接的な分子記録を提供します。科学者は、種間の関連性の程度を定量化し、顕著な精度で進化経路を再構築することができます。
ただし、DNAの比較は完全なシステムではないことに注意することが重要です：
* 不完全な化石記録： DNA比較は強力なツールを提供しますが、不完全な化石記録によって制限される可能性があります。
* 収束進化： DNAのいくつかの類似点は、同様の環境圧力により種が独立して同様の特性を発達させる収束進化から生じる可能性があります。
* ゲノムサイズの変動： ゲノムのサイズと複雑さは種間で大きく異なる可能性があり、直接的な比較が困難になります。
これらの制限にもかかわらず、DNAの比較は、進化的関係を理解するための最も直接的で強力な方法のままであり、地球上の生命の歴史に対する比類のない洞察を提供します。
