* 無性生殖： 多くの単細胞生物は無性に再現します。つまり、子孫を作成するためにパートナーを必要としません。これにより、交配に基づいて種を定義する能力がなくなります。
* 水平遺伝子導入： 単細胞生物は、たとえ直接関係していなくても、遺伝物質（DNA）を他の個人と交換できます。水平遺伝子導入として知られる遺伝子のこの「横方向」伝達は、種間の株を曖昧にする可能性があります。
* 集団内の変動： 単細胞生物の単一種内でさえ、計り知れない遺伝的変異がある可能性があります。この変動に基づいて、2人の個人が「十分に異なる」と見なされるのに「十分に異なる」かどうかを判断するのは難しい場合があります。
単細胞生物で種を定義するための代替方法：
生物種の概念は単細胞生物ではうまく機能しないため、研究者はしばしば他の基準を使用します。
* 系統解析： この方法は、遺伝的比較を使用して、進化的関係を再構築し、異なる系統を特定します。
* 形態分析： 生物の物理的特性を研究することは、種を区別するのに役立ちます。
* 生化学分析： 生物によって生成されるタンパク質と酵素の分析を使用して、違いを特定できます。
* 生態学的ニッチ： 一部の種は、生き残るために必要な特定の環境条件によって定義できます。
種の定義は、多細胞生物であっても常に明確ではないことを覚えておくことが重要です。最良のアプローチは、多くの場合、複数の証拠を組み合わせて包括的な決定を下します。
