特に複雑なシステムでは、物理モデルを作成するのが難しい場合があります。また、構築して維持するのに高価で時間がかかる場合もあります。物理モデルは、システムのすべての側面を正確に表すことができない場合があります。一部の要素は小さすぎて複雑すぎて正確にモデル化できないためです。さらに、物理モデルは、しばしば固定されており、簡単に変更できないため、変更または更新が困難になる場合があります。これにより、モデル化されているシステムの変更に追いつくことが難しくなります。さらに、物理的なモデルは、かさばって重くなる可能性があるため、輸送して保管するのが難しい場合があります。