H. floresiensisは、約840、000年前にフローレスに到着した初期の人類から進化したと考えられています。これらの初期の人類は島に取り残されており、時間が経つにつれて、より小さく、よりコンパクトな形に進化したと考えられています。このサイズの縮小は、島に住んでいる動物が本土の親relativeよりも小さくなるときに発生する現象である島の小人症の結果であると考えられています。
島の小人症は、限られた資源、他の種との競争、捕食者の不足など、いくつかの理由で発生すると考えられています。 H. floresiensisの場合、島の限られた資源と、巨大なラットやコモドドラゴンなどの他の動物との競争が、そのサイズが小さい主な要因であると考えられています。
H. floresiensisは、これまでに発見された中で最も興味深い謎めいた類似種の1つです。その小さなサイズ、ユニークな特徴、そしてそれが比較的最近まで生きていたという事実は、それを人間の進化の歴史の重要な部分にしています。