1。初期バインディングとスキャン：
TFは通常、非特異的DNA配列または低親和性結合部位に結合することにより、ターゲット部位の検索を開始します。この最初の結合により、潜在的な標的部位のDNAをスキャンできます。
2。一次元拡散：
DNAに結合すると、TFSは1次元拡散によってDNA分子に沿って移動できます。これには、一連の迅速な結合および解離イベントが含まれ、TFがDNA配列をサンプリングできるようにします。
3。促進された拡散：
1次元拡散に加えて、TFSは促進された拡散を利用して検索を強化することもできます。これには、他のDNA結合タンパク質への結合または標的部位に向けてそれらを導くことができる要因が含まれます。
4。 DNAループとクロマチンのアクセシビリティ：
DNAのクロマチンループへの組織化とDNA領域のアクセシビリティは、TF結合に影響を与える可能性があります。一部のTFは、DNAループを誘導し、遠い調節要素を近接にし、ターゲットサイトのアクセシビリティを向上させる可能性があります。
5。協同組合結合およびTF複合体：
TFSは、他のTFSまたは共因子と複合体を形成することができ、ターゲットサイトの認識を促進し、結合特異性を高めることができます。協調結合により、複数のTFが連携してターゲットサイト選択の効率を高めることができます。
6。ターゲットサイトの縮退と柔軟性：
TFSは、ターゲットサイト認識にある程度の柔軟性を持つことがよくあります。つまり、親和性が異なるとわずかに異なるDNA配列に結合することができます。この変性により、TFはより広範な遺伝子を調節することができます。
7。競争とバインディングサイトの競争：
TFSのターゲットサイトへの結合は、必ずしも簡単ではありません。彼らは、同じ結合部位の他のTFSまたはDNA結合タンパク質からの競争に遭遇する可能性があります。この競争は、ターゲットサイトのアクセシビリティと占有率に影響を与える可能性があります。
TFSによるゲノムの探索は、DNA配列、クロマチン構造、TF特性、細胞コンテキストなど、さまざまな要因に影響される複雑で動的なプロセスです。 TFSがターゲットサイトを見つけるメカニズムを理解することは、遺伝子発現と細胞機能を支配する調節ネットワークを解読するために重要です。
