データの収集 ：関心のある生物や比較のためにいくつかのアウトグループを含む、多様な生物のグループからDNAまたはタンパク質配列データを収集します。
複数のシーケンスアライメント ：シーケンスを調整して、複数のシーケンスアラインメントを作成します。このアライメントは、ヌクレオチドまたはアミノ酸の順序と類似性を考慮する必要があります。
ツリービルディング方法を選択： 最尤、隣接する、またはベイジアン推論など、系統樹の樹状方法を選択します。各方法は、異なるアルゴリズムと統計的アプローチを使用して、進化的関係を計算します。
ツリーを構築します ：選択した方法を使用して、進化ツリーを構築します。通常、出力は、研究された生物間の分岐パターンと進化的関係を表す図またはクラドグラムです。
ブートストラップ分析（オプション） ：ブートストラップを実行して、ツリーの分岐パターンの統計的サポートを評価します。 Bootstrap分析は、データを繰り返し再サムタップして複数のツリーを作成し、各ブランチに統計的信頼値（つまり、ブートストラップ値）を提供します。
ツリーのルート ：ツリーのルートを識別して指定します。これは通常、先祖のノードまたはツリー内のすべての生物の最新の共通の祖先を表すアウトグループです。
ツリーを解釈 ：分岐パターンと長さを分析して、進化的関係、発散時間、および潜在的な共通の祖先を推測します。クレード（共通の祖先を共有する生物のグループ）と研究された種の進化的歴史を特定します。
ツリーを改良（オプション） ：追加のデータが利用可能になった場合、または異なるパラメーターが使用された場合、その精度と解像度を改善するためにツリーを洗練または更新できます。
