科学者は、Homo floresiensisの脳サイズの研究と比較を実施し、現代の人間を含む他の人類種と比較しています。 Homo floresiensisは現代の人間と比較して脳の大きさが小さかったが、体の大きさに比べて不釣り合いに小さくはなかった。
一部の古人類学者は、Homo floresiensisの脳体積を380〜430立方センチメートルの範囲であると推定しています。ただし、Homo floresiensisの体は比較的小さく、平均高さは約1.1メートル（3.5フィート）に立っていました。
体の大きさを考慮すると、Homo floresiensisの脳と体のサイズの比率は、他の霊長類と比較した場合、異常に小さいことではありません。体重に比べて脳サイズの尺度である推定脳化商（EQ）は、現代の人間を含む他の霊長類で観察される範囲内に収まります。
