各制限酵素は、特定のパリンドロームシーケンスで認識およびカットします。たとえば、一般的に使用される制限酵素ECORIは、パリンドロームシーケンス5'-GAATTC-3 'に結合し、切断します。 DNAの2つの鎖には、ECORIサイトに次の相補配列があります。
トップストランド：5 '-... g aattc ... =... cttaa g ...- 3'
ボトムストランド：3 '-... c ttaa g ... =... gaattc ...- 5'
パリンドロームは、相補的なシーケンスで明らかです。 DNAがECORIによって切断されると、2つの粘着性の末端もパリンドロミックになり、互換性のあるオーバーハングを備えた他の制限フラグメントを簡単に結成できます。
さらに、一部の制限酵素は認識シーケンス内でDNA鎖を切断し、他の酵素は部位から数ヌクレオチドを切断しました。この特性は、消化時にそれぞれ鈍い端またはまとまりのある端（「粘着端」とも呼ばれる）につながります。制限酵素のパリンドローム認識と切断パターンを理解することは、遺伝子工学とバイオテクノロジーのアプリケーションのDNAを操作および分析するために重要です。
