光の回折限界よりも小さい生物は、化合物顕微鏡を使用して見ることができません。回折限界は、顕微鏡で分解できるオブジェクトの最小サイズであり、使用される光の波長と対物レンズの数値開口によって決定されます。可視光の回折限界は約200ナノメートル（nm）です。つまり、複合顕微鏡ではこれよりも小さいオブジェクトは見られません。多くの細菌、ウイルス、およびその他の微生物は200 nm未満であるため、複合顕微鏡では見ることができません。