* 生殖分離： 他の多くの動物と同様に、異なるコウモリ種は、明確な交尾行動、呼び出し、および身体的特性を進化させてきました。これらの違いは、交配の障壁として機能します。
* 遺伝的違い： たとえ2つの種が交尾できたとしても、彼らのDNAはしばしば異なっていることが多すぎて、生存可能な子孫を生成するには異なります。結果として生じる胚は適切に発達しないか、子孫が不妊である場合があります。
* 生態学的専門化： コウモリ種は、多くの場合、特殊な食事と生息地を持っています。これは、彼らが交尾するために野生でお互いに出会わないかもしれないことを意味します。
しかし、特に密接に関連する種内では、ハイブリダイゼーションのまれな例がありました。 たとえば、一部の研究者は、 * Myotis Lucifugus *（リトルブラウンコウモリ）と * Myotis Yumanensis *（Yuma Myotis）の間の交配の症例を記録しています。ただし、これらのインスタンスは、通常、ルールではなく例外と見なされます。
要するに、異なる種のコウモリが交配することは不可能ではありませんが、それは非常に珍しいことであり、しばしば生存不可の子孫をもたらします。
