原生生物では一般的ではないが動物や植物細胞では一般的な構造：
* 収縮液胞： これらの特殊なオルガネラは、特に淡水環境で、原生生物が内部の水バランスを調節するのに役立ちます。それらは動物や植物の細胞には見られません。
* 擬似類： 細胞質のこれらの一時的な拡張は、一部の原生生物（たとえば、アメーバ）の動きと摂食に使用されます。動物細胞には、動きのための特殊な構造（繊毛と鞭毛）がありますが、植物細胞は一般に動かないです。
* 繊毛と鞭毛： 動物細胞と植物細胞の両方が繊毛と鞭毛を持つことができますが、それらは原生生でより一般的で多様です。原生生物は、これらの構造を運動、摂食、および感覚機能に使用します。
* 葉緑体： 多くの原生生物は光合成であり、それらの葉緑体はしばしば植物で見られるものよりも複雑で多様です。
* アイスポット（スティグマ）： Euglenaのような光合成の原生生物の中には、光を感知し、日光に向かってナビゲートするのに役立つ眼鏡があります。
* Trichocysts： これらは、パラメシウムなどの一部の原生生物に見られる防御的なオルガネラです。それらは、捕食者を阻止するためにハープーンのような構造として排出されます。
動物や植物の細胞と比較して、原生生物では顕著ではない構造：
* 細胞壁： 一部の原生生物には細胞壁（珪藻など）がありますが、他の原生はより柔軟なカバーを持っているか、剛性のある細胞壁を完全に欠いています。動物細胞は細胞壁を欠いており、植物細胞はセルロースで作られた異なる細胞壁を持っています。
* 液胞： 原因はしばしば、植物細胞よりも小さく、より多くの液胞を持っています。動物細胞にも液胞がありますが、一般的に小さく、目立たないものです。
原生生物は非常に多様であり、これらの一般的な傾向には例外があることを覚えておくことが重要です。一部の原生生物は、動物や植物の細胞によりよく似た構造を持っているかもしれませんが、他の王国では見つからないユニークな構造を持っている人もいます。
