その理由は次のとおりです。
* グラム陽性細菌 細胞壁に厚いペプチドグリカン層があります。この層は、染色プロセスで使用されているクリスタルバイオレット染料を閉じ込め、細菌を紫色に見せます。
* グラム陰性菌 より薄いペプチドグリカン層と外膜を持っています。薄いペプチドグリカン層もクリスタルバイオレット染料を保持していないため、脱色ステップ中に洗い流されます。しかし、これらの細菌は、対比染色（サフラニン）を占有し、ピンクに見えます。
したがって、グラム染色技術は、細胞壁の構造、特にペプチドグリカン層の厚さに基づいて細菌を区別します。
