腸にはいくつかの真菌、ウイルス、アルカエアもありますが、細菌は大多数を占めています（数兆個の細菌と推定されています）。これらの細菌は数千の異なる種に属し、最も一般的な門は次のとおりです。
* bacteroidetes： これらの細菌は、複雑な炭水化物を分解し、短鎖脂肪酸を生成するのに役割を果たします。
* firmicutes： これらの細菌は、ビタミンの生産と栄養繊維の分解に関与しています。
* actinobacteria： これらの細菌は免疫系の発達に寄与し、栄養吸収に役立ちます。
* プロテオバクテリア： 一部のプロテオバクテリアは有益ですが、他のプロテオバクテリアは病原性であり、腸の炎症に寄与する可能性があります。
腸内細菌叢の特定の組成は、人によって異なり、遺伝学、食事、ライフスタイル、薬などの要因の影響を受けます。
