* 認識サイトの変更： 制限酵素は、しばしば認識部位と呼ばれる特定の短いDNA配列を認識します。これらのサイトは通常、長さ4〜8個の塩基ペアです。自己切断を防ぐために、細菌DNA（制限酵素が発生する場合）には、防御メカニズムが組み込まれています。これらのDNA配列は、他の酵素によって化学的に修飾されています（通常はメチル化により）。この変更は、認識部位を制限酵素から「隠し」、結合と切断を防ぎます。
* メチル化： メチル化は、DNA配列の塩基にメチル基（CH3）を追加するプロセスです。この修飾はDNAの形状を変化させ、制限酵素に対して認識できなくなります。
* 特異性と保護： 各制限酵素には特定の認識シーケンスがあり、その修飾システムは一致するように調整されています。これにより、酵素が外来DNA（通常はメチル化されていない）を切断しながら、独自のDNAを無傷のままにします。
要約： 制限酵素が独自のDNAを切断できないということではなく、宿主細胞が生成する酵素から独自のDNAを保護するためのメカニズム（主にメチル化）を進化させたということです。これにより、宿主自身の遺伝物質を傷つけることなく、制限酵素が侵入ウイルスまたは他の異物DNAから効果的に防御できるようになります。
