* 倍率： TEMは、光顕微鏡よりもはるかに高い倍率を提供し、細胞オルガネラと構造の細かい詳細を見ることができます。
* 解像度： TEMは光学顕微鏡よりもはるかに優れた解像度であるため、セル内の非常に小さな間隔のオブジェクトを区別できます。
* 薄いセクション： TEMは、サンプルの非常に薄いスライスに電子を渡すことにより機能します。この薄さにより、電子が通過して画像を作成できます。
* コントラスト： TEMは重金属を使用してサンプルを染色し、コントラストを提供し、セル内のさまざまな構造を見やすくします。
光顕微鏡 、細胞全体を観察するのに役立ちますが、可視光の波長のためにセルの内部構造を解決する能力は限られています。
他のタイプの顕微鏡 スキャン電子顕微鏡（SEM）のように、細胞や他のオブジェクトの表面を研究するのに優れていますが、TEMと同じレベルの詳細を提供しません。
