ここに細菌種の定義に使用されるいくつかの重要な概念があります：
* 系統発生種の概念： この概念は、遺伝的データから推測されるように、進化的関係に基づいて生物のグループ化に依存しています。細菌種は単系統系統として定義されています。つまり、共通の祖先を共有し、他の系統とは異なります。これは最も広く使用されているアプローチですが、遺伝的類似性のみに基づいて種の境界を定義することは困難です。
* 表現型種の概念： これは、形態（形状）、生理学（代謝）、生化学的特性などの観察可能な特性に焦点を当てています。ただし、多くのバクテリアが同様の特性を共有しており、単一の種内でも重要な表現型の変動を示すことができるため、このアプローチは制限されています。
* 生態系概念： これは、生態学的なニッチに基づいた種を定義します。これは、使用するリソースと環境との相互作用を意味します。このアプローチは、たとえそれらが遺伝的に類似している場合でも、細菌が異なる生態学的ニッチを占めることができることを認識しています。
* ゲノム種の概念： この概念は、細菌の全体的な遺伝的含有量に焦点を当てています。 DNA-DNAハイブリダイゼーションやゲノムシーケンスなどの技術を使用して、異なる株のゲノム全体を比較します。その後、カットオフポイントを使用して、特定のレベルの遺伝的類似性に基づいて種を定義します。
それを覚えておくことが重要です：
*普遍的に受け入れられている細菌種の単一の定義はありません。
*異なる定義は、どの特性が強調されているかに応じて、異なる分類につながる可能性があります。
*系統発生、表現型、生態学的、およびゲノムデータを含む複数の証拠の使用は、細菌の多様性を包括的に理解するために重要です。
最終的に、細菌種の定義は、細菌の多様性と進化の理解が向上するにつれて、常に進化するプロセスです。
