* 細胞構造への焦点： 5キングダムシステムは、主に細胞構造（核の存在など）や栄養モードなどの目に見える特徴に依存しています。このシステムは、微生物の広大な多様性と進化を適切に捉えていません。
* 系統発生の進歩： DNAシーケンスなどの分子技術の進歩により、外部特性に基づいてグループ化された多くの微生物が実際には非常に遠い関連があることを発見しました。
* ドメインの台頭： 3ドメインシステム（バクテリア、アルカエア、ユーカリヤ）は、進化的関係のより正確な反映として広く受け入れられています。
ここに、5つの王国が現代の微生物学とどのように関係しているか
* モネラ（細菌と古細菌）： この王国は微生物学に最も関連しています。これには、現場で研究されている微生物の大部分が含まれています。ただし、最新の分類により、細菌と古細菌が異なるドメインに分類されます。
* Protista： この王国には、藻類、原生動物、スライム型など、ほとんど単一細胞の真核生物の多様なグループが含まれています。一部の原生生物は、微生物学、特に病気を引き起こす、または生態学的重要性を持っている微生物学で研究されています。
* 菌類： 真菌は、分解と栄養サイクリングに重要な役割を果たす真核生物です。一部の真菌は巨視的ですが、多くは微視的であり、微生物学に関連しています。
* plantae and Animalia： これらの王国には主に多細胞生物が含まれており、微生物の研究にはあまり直接的ではありません。しかし、微生物学者は微生物と植物や動物（例えば、共生、病気）の相互作用を研究しています。
本質的に：
*微生物学は主に細菌に焦点を当てています 、 archaea 、および Protista の特定のグループ 、および菌 。
* 5 kinddomシステム 時代遅れであり、微生物間の関係を正確に反映していません。
* 3ドメインシステム 地球上の生命の進化の歴史のより正確な絵を提供します。
