* 低ATP収量： 発酵は、好気性呼吸と比較して非常に少量のATPを生成します。 好気性呼吸はグルコース分子あたり約36〜38 ATP分子を生成しますが、発酵は 2 ATP分子のみを生成します 。
* 不完全なグルコース分解： 発酵は部分的にグルコースを破壊するだけで、多くのポテンシャルエネルギーが未開拓のままになります。これは、グルコースに保存されているエネルギーの多くがATP生産に使用されていないことを意味します。
* 廃棄物の生産： 発酵は、乳酸（動物）やエタノール（酵母）などの廃棄物を生産します。これらの副産物は高濃度で有害である可能性があり、乳酸酸の蓄積の場合には筋肉疲労にさえ寄与する可能性があります。
全体として、発酵は有酸素呼吸と比較してエネルギーを生成する効率の低い方法です。これは、酸素の非存在下で生物が生き残ることを可能にする「バックアップ」システムです。
