一般的な汚染物質:
* タンパク質:
* 出典: タンパク質は細胞に豊富であり、しばしばDNAと密接に関連しています。
* インパクト: タンパク質は、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)やシーケンスなどの下流のアプリケーションを妨害し、偽陽性の結果、増幅不良、または反応の阻害さえもつながります。
* RNA:
* 出典: RNAは細胞にも見られ、通常はDNAよりも豊富です。
* インパクト: RNAは、特に分光光度測定(核酸含有量に基づいて吸光度を測定する)などの技術で、DNAの定量化を妨げる可能性があります。これにより、DNA濃度の過大評価につながる可能性があります。
* 脂質:
* 出典: 脂質(脂肪)は、細胞膜の不可欠な成分です。
* インパクト: 脂質はエマルジョンを形成し、溶液を曇りまたは不透明にすることができます。これにより、分光測定測定値やその他の分析を妨げる可能性があります。また、いくつかの酵素反応を阻害することもできます。
* 炭水化物:
* 出典: 炭水化物は、特に植物組織に細胞に存在します。
* インパクト: 炭水化物は、DNAに結合し、その純度に影響を与え、電気泳動中に問題を引き起こすことにより、下流のアプリケーションを妨害する可能性があります。
* 塩:
* 出典: 塩は、DNA抽出の溶解および降水ステップでよく使用されます。
* インパクト: 過剰な塩は酵素反応を阻害し、PCRまたは他の機密アッセイで問題を引き起こす可能性があります。
* 洗剤:
* 出典: 洗剤は、溶解中に細胞膜を分解するために使用されます。
* インパクト: 洗剤残基はDNA沈殿を妨害し、DNAの収率が低下する可能性があります。
* フェノール/クロロホルム:
* 出典: これらの化学物質は、他の細胞成分からDNAを分離するために有機抽出方法でよく使用されます。
* インパクト: 不完全な除去は、下流のアプリケーションを阻害する可能性があります。
純度に影響する要因:
* 抽出方法: 異なるDNA抽出プロトコルは、汚染物質を除去する際にさまざまな効率を持っています。
* サンプルタイプ: サンプルの複雑さと組成(血液、組織、植物材料など)は、存在する汚染物質の種類と量に影響します。
* 品質管理: 抽出および保管中の適切な品質管理測定は、純粋なDNAサンプルを確保するのに役立ちます。
不純なDNAの結果:
* 不正確な結果: 汚染物質は、下流のアプリケーションを妨害し、データ分析が誤っている可能性があります。
* 効率の低下: 不純物は、PCR、シーケンス、または制限酵素消化などの反応の効率に影響を与える可能性があります。
* 偽陽性の結果: 一部の汚染物質はDNAを模倣し、偽陽性の結果をもたらすことができます。
ソリューション:
* 精製方法: カラムクロマトグラフィーや酵素消化などの追加の精製ステップは、汚染物質を除去するのに役立ちます。
* 品質管理: 分光光度測定またはその他の手法を使用して、DNA純度と濃度を評価します。
* 最適化: 抽出プロトコルを改良して、汚染物質レベルを最小限に抑えます。
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