1。遺伝的違い：
* リボソームRNA（RRNA）： 古細菌と細菌は、タンパク質合成の原因となるリボソームの基本成分であるRRNA配列に大きな違いがあります。これらの違いは、細菌とユーカリヤの違いよりも大きい。
* ゲノム構造： Archaeaには、DNAのパッケージ化方法や染色体を複製する異なる方法など、細菌と比較して独自のゲノム構造があります。
* 遺伝子発現： Archaeaにおける遺伝子発現のメカニズムは、遺伝子にイントロン（非コードDNA配列）の存在を含む、細菌よりもユーカリヤのメカニズムと類似しています。
2。生化学的違い：
* 細胞膜： Archaeaには、細菌とユーカリヤの両方とは異なる細胞膜にユニークな脂質があり、極端な環境により耐性があります。
* 代謝経路： Archaeaには、強力な温室効果ガスであるメタンを生成できるものを含む、ユニークな代謝経路があります。
* 細胞壁構造： 古細菌は細菌と比較して異なる細胞壁構造を持っていますが、多くの場合、細菌細胞壁の重要な成分であるペプチドグリカンがありません。
3。進化の歴史：
* 系統解析： rRNA配列およびその他の遺伝的データに基づく系統解析は、古細菌と細菌が生活の歴史の非常に早い段階で共通の祖先から分岐したことを示唆しています。
* 化石の証拠： 幼少期の化石の証拠は希少ですが、利用可能ないくつかの化石は、古細菌と細菌が最初から明確な系統であることを示唆しています。
3つのドメインシステム：
これらの明確な違いは、 3つのドメインシステムの提案につながりました 1977年のカールウォーゼによって、生命をバクテリア、アルカエア、ユーカリヤの3つのドメインに分類します。 このシステムは、古細菌と細菌の間に大きな違いを認識し、それらの明確な進化の道を強調しています。
全体として、証拠は、いくつかの表面的な類似点を共有しているにもかかわらず、古細菌と細菌は密接に関連していないことを強く示唆しています。それらは、数十億年にわたって独立して進化してきた2つの異なる古代の系統を表し、その結果、遺伝子構造、生化学、細胞構造に大きな違いがあります。
