その理由は次のとおりです。
* DNAマイクロアレイは遺伝子発現に焦点を当てています： DNAマイクロアレイは、数千の遺伝子の発現レベルを同時に測定するように設計されています。 遺伝子発現は、遺伝情報（DNA）を機能性タンパク質に変換するプロセスであり、このプロセスは主にRNAレベルで調節されます。
* RNAは遺伝子活性を表します： 遺伝子から転写されたRNAの量は、その発現のレベルに直接比例します。 RNAレベルを分析することにより、どの遺伝子が細胞または組織で積極的に使用されているかを推測できます。
* RNAの分離と処理： 細胞は内容物を放出するために開いている（溶解）し、RNAは他の細胞成分からそれを浄化する特定の手法を使用して分離されます。次に、RNAは逆転写を介して相補的なDNA（cDNA）に変換されます。
* マイクロアレイでのハイブリダイゼーション： cDNAは蛍光色素で標識され、マイクロアレイスライドに適用されます。このスライドには、それぞれが一意の遺伝子を表す特定のDNA配列（プローブ）を含む数千の小さなスポットが含まれています。 cDNAは、相補的なベースペアリングに基づいてプローブに結合します。各スポットでの蛍光の強度は、その特定の遺伝子に存在するcDNA（したがってRNA）の量を反映しており、その発現レベルの尺度を提供します。
DNAはマイクロアレイ上のプローブの基礎ですが、分析のために細胞から抽出された実際の材料はRNAです。
