* 認識サイトの長さ： 制限酵素は、認識部位と呼ばれる特定の配列でDNAを切断します。認識部位が短い酵素はより頻繁に削減され、断片が小さくなります。ただし、フラグメントの実際のサイズは、DNA配列内のこれらのサイトの分布に依存します。
* 星活動： 一部の制限酵素は「星活動」を示すことができます。つまり、特定の条件（例：高塩濃度）の下で、理想的な認識部位とはわずかに異なるシーケンスでカットできることを意味します。これにより、より頻繁なカットとより小さな断片につながる可能性があります。
* DNA配列： 切断しているDNAの特定のシーケンスは、フラグメントのサイズを決定します。同じ制限酵素を使用しても、異なるDNA配列が異なるサイズのフラグメントを生成します。
どの酵素が最小の部分を切断するかを決定するには、知っておく必要があります：
1。切断しているDNA配列： DNA配列内の制限酵素認識部位の分布は、フラグメントサイズを決定します。
2。検討中の特定の制限酵素： 各酵素には異なる認識部位があり、異なる星活動がある場合があります。
3。消化の条件： 塩濃度や温度などの条件は、制限酵素の活性に影響を与える可能性があります。
最小の切断酵素を検索する代わりに、より役立ちます：
* DNA配列に頻繁に見られる認識部位を持つ酵素を選択します。 これにより、多くのカットと小さな断片が得られます。
* 異なる認識部位を持つ複数の酵素を使用します。 これにより、より多様な断片のセットが生成され、DNA配列に関する詳細情報が明らかになる可能性があります。
* 制限酵素データベースの使用を検討してください： DNAシーケンスを入力し、それをカットする制限酵素を特定できるオンラインデータベースがあります。
最終的に、「最小のカット」酵素は、あなたが作業しているDNA配列と実験条件に固有です。
