* タンパク質： タンパク質のアミノ酸配列が主要な焦点です。密接に関連する生物には非常に類似したタンパク質配列がありますが、より遠い関連生物にはより多くの違いがあります。
* DNA： DNAのヌクレオチド配列も、進化的関係を決定するために使用されます。繰り返しますが、密接に関連する生物は非常に類似したDNA配列を持ちますが、より遠い関連生物にはより多くの違いがあります。
* RNA： DNAと同様に、RNA配列は、特に特定の遺伝子とその機能の進化を研究する際に、関係を確立するために使用されます。
* 代謝経路： 代謝経路に関与する酵素と反応も比較されます。これらの経路の類似性は、共有された祖先を示すことができます。
さまざまな種のこれらの生体分子を比較することにより、アナリストは進化的関係を再構築し、生命の分岐史を示す系統発生樹を作成することができます。
たとえば、
*細胞呼吸に関与するシトクロムCタンパク質は、広範囲の生物にわたって非常に一貫した類似性を示し、共通の祖先を示唆しています。
*すべての生物における同様のリボソームRNA配列の存在は、普遍的な祖先の強力な証拠を提供します。
生体分子が2つの種の間で類似しているほど、より密接に関連しています。この原則は分子進化の基礎であり、生化学データを使用して地球上の生命の歴史を理解しています。
