その理由は次のとおりです。
* 高解像度： TEMは電子のビームを使用してサンプルを照らします。これにより、光学顕微鏡よりもはるかに高く、非常に高分解能が可能になります。これは、他の方法で見ることが不可能なセル内で詳細を見ることができることを意味します。
* 内部構造： TEMはサンプルに浸透し、オルガネラ、タンパク質、さらにはDNAなどの細胞の内部構造を見ることができます。
* 薄いサンプル： TEMは非常に薄いサンプルを必要としますが、これは場合によっては不利ですが、電子が通過して画像を作成することができます。
走査型電子顕微鏡（SEM）のように、他の顕微鏡も非常に強力ですが、TEMは一般に、細胞の内部構造を見るのに最も強力であると考えられています。
