* ゲノム変異： 種ごとに異なるDNA配列があります。 制限酵素の認識部位は特定のDNA配列です。種が制限酵素が切断される領域で異なる配列を持っている場合、それはそこで切断されません。
* ゲノムサイズと組織： 同じ認識部位が2つの種に存在していても、ゲノムの全体的なサイズと組織は大きく異なる場合があります。これは、カットサイト間の距離が変化し、さまざまなサイズの断片が生じることを意味します。
* 進化的相違： 時間が経つにつれて、種は進化し、そのDNA配列は変化します。これらの変更により、制限酵素認識部位が導入または排除され、フラグメントサイズの変動につながる可能性があります。
例：
「Aagctt」シーケンスを認識する制限酵素を想像してください。
*種Aにはこのシーケンスの多くのコピーがあり、さまざまなサイズの多数の断片につながる可能性があります。
*種Bにはコピーが少ないか、一部の領域でシーケンスが変異している可能性があり、種Aと比較して異なるフラグメントサイズをもたらす可能性があります。
例外：
この一般的なルールにはいくつかの例外があります。
* 高度に保存された地域： 一部のDNA領域は種全体で高度に保存されています。このような保存された領域内で制限酵素が切断されると、異なる種で同様のフラグメントサイズを生成する可能性があります。
* 人工構造： 実験室の設定では、研究者は制限酵素を使用して、種間で同じように意図的に設計された特定のDNA配列をカットすることができます。これは、クローニングまたは他の遺伝子操作によく使用されます。
要約： 大部分の時間の制限酵素は、DNA配列、ゲノム組織、および進化的発散の違いにより、異なる種のゲノムDNAの異なる断片サイズを生成します。
