1。水平遺伝子導入（HGT）： これは、降下を通じて直接関係していない生物間の遺伝物質の移動を指します。 HGTは細菌で一般的であり、説明しないと系統発生関係を大幅に歪める可能性があります。 HGTのために、種は真の進化の祖先ではない場合でも、遠い親relativeに近づくことがあります。
2。収束進化： 同様の特性は、同様の環境圧力により、異なる系統で独立して進化する可能性があります。 生化学的類似性は、収束的な進化によって生じる可能性があり、関連性に関する誤った仮定につながります。たとえば、鳥やコウモリの翼は非常に似ていますが、独立して進化しました。
3。不完全な系統ソーティング： 種分化の過程で、一部の遺伝子は異なる系統で異なる方法でランダムにソートすることがあり、真の種の木とは異なる「ツリー」を作成します。 これは、特に急速に進化する系統で、遺伝子の木と種の木の間に矛盾を引き起こす可能性があります。
4。分子進化の速度： 異なる遺伝子は異なる速度で進化します。 一部の遺伝子は高度に保存されていますが、他の遺伝子は迅速に進化しています。 急速に進化する遺伝子を使用して進化的関係を再構築することは、これらの遺伝子が収束進化またはHGTにかかる傾向があるため、不正確さにつながる可能性があります。
5。限られた分類群のサンプリング： 系統解析は、研究に含まれる分類群（種）の数によって制限されています。少数の分類群は、グループの完全な多様性を表すものではなく、不正確な推論につながる可能性があります。
6。不完全なデータ： アルゴリズムが情報が欠落しているときに関係を推測するのに苦労しているため、生化学シーケンスのデータが系統解析の精度に影響を与える可能性があります。
これらの制限を克服するには、生化学的証拠を組み合わせることが不可欠です：
* 化石の証拠： 過去の人生の直接的な記録を提供し、分子時計速度を調整し、収束進化の潜在的なケースを特定するのに役立ちます。
* 形態学的データ： 解剖学的構造を比較すると、ホモプラシー（収束進化）と相同性（共有された祖先）を区別するのに役立ちます。
* 生物地理学的情報： 種の地理的分布は、分散と多様化のパターンに関する洞察を提供できます。
* 生態学的データ： 生態学的なニッチと種の適応を理解することは、彼らの進化的関係についての手がかりを提供することができます。
さまざまな証拠ソースを統合することにより、進化の歴史をより強固な理解を構築し、さまざまなバイアスや制限の影響を受ける可能性のある生化学データのみに依存することを避けることができます。
