光化学系IIの電子は、水分子の分割から来ています。このプロセスは、光化学系IIの酸素発生複合体（OEC）によって実行されます。 OECは、タンパク質足場によって一緒に保持される4つのマンガンイオンと1つのカルシウムイオンのクラスターです。光エネルギーが光化学系IIによって吸収されると、反応中心のクロロフィル分子の電子を励起します。次に、この電子は電子受容体に伝達され、最終的にOECに到達します。 OECは、電子のエネルギーを使用して、水分子を2つのプロトンと1つの酸素原子に分割します。陽子はチラコイドの内腔に汲み上げられ、酸素原子は大気中に放出されます。