IR放射の強い吸収：水は、中赤外領域、特にO-Hストレッチ振動により約3500〜3200 cm-1に強い吸収帯を持っています。これらの強い吸収帯は、分析対象のサンプルの吸収帯を妨害し、あいまいにすることができます。
干渉する水素結合：水分子は、サンプル分子と分子間水素結合を形成し、化学構造と振動周波数を変化させることができます。これにより、サンプルのIRスペクトルの変化や歪みにつながる可能性があり、特徴的なピークを解釈することが困難になります。
多くの有機化合物の低い溶解度：水は極性溶媒であり、通常は非極性またはわずかに極性である多くの有機化合物を溶解するのに適していません。これにより、IR分光法の溶媒として水を使用して分析できるサンプルの範囲が制限されます。
変数組成：水の組成は、温度、湿度、溶解ガスの存在などの要因によって異なる場合があります。これにより、一貫性のない信頼できないIRスペクトルにつながる可能性があり、再現性のある結果を得ることが困難になります。
これらの理由から、IR分光師は通常、四塩化炭素（CCL4）、クロロホルム（CHCL3）、またはジクロロメタン（CH2CL2）など、赤外線領域で透明な他の溶媒を使用します。これらの溶媒は、サンプルのIRスペクトルとの干渉が最小限であり、特徴的な吸収帯のより良い分析を可能にします。
