その理由は次のとおりです。
* アルカリ溶液の変性DNA： 高pH溶液（アルカリ）は、2つのDNAを一緒に保持する水素結合を破壊し、一本鎖DNAにつながります。これはハイブリダイゼーションに役立つように見えるかもしれませんが、プロセスで使用されるプローブを変性させ、効果がないようになります。
* ハイブリダイゼーションは、一本鎖DNAに依存しています： 相補的な一本鎖DNA分子の間でハイブリダイゼーションが発生します 。ただし、変性プロセスは慎重に制御する必要があります。
ここで、プロセスが通常どのように機能するか
1。 DNAは変性します： DNAは、水素結合を破壊し、鎖を分離するために高温（通常は95°C）に加熱されます。
2。ハイブリダイゼーション： 次に、変性DNA（ターゲットDNA）をゆっくりと冷却し、補完的なプローブの鎖が標的配列にアニール（ハイブリダイズ）します。
3。アルカリ治療（オプション）： *ハイブリダイゼーションの後、一部のプロトコルは軽度のアルカリ溶液を使用して、非結合プローブを除去します。
したがって、ハイブリダイゼーション前にアルカリ治療は使用されませんが、ハイブリダイゼーション後の特定のステップで使用できます。
