1。基本式（ウォレスルール）：
この単純化された処方は、短いオリゴヌクレオチド（14-20ベース）の良い出発点です。
tm =4°C（g + c） + 2°C（a + t）
* g + c： グアニンおよびシトシン塩基の数
* a + t： アデニンとチミンの塩基の数
2。より正確な方法：
特に長いシーケンスの場合、より高い精度のために、これらの方法を考慮してください。
* 最も近いneighborメソッド： この方法では、オリゴヌクレオチド内の可能性のあるジヌクレオチドの組み合わせに、事前に計算された熱力学的パラメーターを使用します。ベーススタッキング相互作用を考慮し、基本的な式よりも洗練されています。 OligocalcやIDTのOligoanalyzerなどのオンラインツールやソフトウェアは、この計算にすぐに利用できます。
* 熱力学アルゴリズム： これらのアルゴリズムは、Primer3やOligoanalyzerなどのプログラムで使用されているアルゴリズムと同様に、より複雑な熱力学モデルを使用して、塩濃度、pH、オリゴヌクレオチド濃度などのさまざまな要因を説明しています。
TM：に影響する要因
* ベース構成： G-C結合はA-T結合よりも強く、G-C含有量が高いシーケンスのTM値が高くなります。
* 長さ： より長いオリゴヌクレオチドは、一般に、より多くの塩基対により高いTM値を持っています。
* 塩濃度： 塩濃度（NaClなど）の増加により、DNA二重鎖が安定し、TMが高くなります。
* ph： 極端なpH値は、DNAデュプレックスを不安定にし、TMを下げることができます。
* ミスマッチ： オリゴヌクレオチド配列内の不一致はTMを低くします。
* DNA修正： メチル化のような修飾もTMに影響を与える可能性があります。
ソフトウェアおよびオンラインツール：
TMを計算するために、いくつかのオンラインツールとソフトウェアパッケージを使用できます。
* oligocalc： [https://www.oligo.net/calc/
* idt oligoanalyzer： [https://www.idtdna.com/calc/analyzer (https://www.idtdna.com/calc/analyzer）
* primer3： [https://primer3.ut.ee/
* Thermofisher Scientific TM Calculator： [https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cloning/dna-cloning/tools-and-resources/tm-calculator.html] （https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cloning/dna-cloning/tools-and-resources/tm-calculator.html）
覚えておいてください：
* TMは、さまざまな要因の影響を受ける可能性のある理論的価値です。多くの場合、実験的検証が必要です。
*特定の用途とオリゴヌクレオチドの長さに基づいて、適切な方法とツールを選択します。
TMに影響を与える要因を理解し、適切な計算方法を使用することにより、オリゴヌクレオチドの融解温度を正確に予測し、実験を最適化できます。
