月が木星に最も近いときに嵐が形成されます。ガニメーデの弱い磁場と木星の強力な磁場との相互作用は、大気を加熱して風を駆動することができる電気放電と稲妻を作り出すことができます。これらの風は、時速100キロメートルを超える速度に達する可能性があり、目に見える雲が形成されます。
ガニメーデの嵐は、地球や木星の嵐よりもはるかに小さく、頻繁ではありません。彼らはまた、より局所的で、主に月の極の近くで発生しています。しかし、彼らはガニメーデがアクティブな雰囲気を持つダイナミックな世界であるという証拠を提供します。