しかし、一部の種では、性は性染色体によって決定されません。代わりに、環境や特定の遺伝子の存在など、他の要因によって決定されます。たとえば、爬虫類の一部の種では、性別は卵がインキュベートされる温度によって決定されます。魚の一部の種では、性は単一の遺伝子の有無によって決定されます。
ある特定のケースでは、フルーツフライ *ショウジョウバエメラノガスター *は、インターセックスハエとして発達する個人のごく一部です。これは、これらのハエの一部の細胞が男性であろうと女性であろうと「伝える」ことができないためです。これらのインターセックスハエには、雄と女性の両方の生殖器官があり、それらは不毛になる可能性があります。
この異常な現象の理由は完全には理解されていませんが、性決定に関与する遺伝子の突然変異によるものであると考えられています。この突然変異により、ハエ内の一部の細胞が男性のアイデンティティで発達しますが、他の細胞は女性のアイデンティティで発達します。その結果、ハエは男性と女性の両方の生殖器官とともに発達します。