原核生物に核エンベロープが存在しないため、転写後にRNAを修飾することにより、細胞が遺伝子発現を制御することを妨げません。原核生物には、RNA編集、RNA安定性制御、翻訳調節など、RNAレベルで遺伝子発現を制御するためのいくつかのメカニズムがあります。たとえば、リボススイッチは、RNA分子の構造を変更し、その翻訳に影響を与えることにより、小分子に結合し、遺伝子発現を制御できる調節RNA配列です。さらに、CRISPR-CASシステムは、RNA誘導ヌクレアーゼを使用してRNA分子を編集または切断し、原核生物の遺伝子発現を制御するための別のメカニズムを提供します。