ヘマトキシリンに結合するDNAの特定の成分は、デオキシリボース骨格のリン酸基です。これらのグループは、ヘマトキシリン分子が互いに積み重ねられ、安定した複合体を形成することを可能にする規則的な繰り返しパターンに配置されています。
RNAやタンパク質などの核の他の成分は、DNAと同じように強くヘマトキシリンに結合しません。これは、DNAほど多くの酸性基を持っていないためです。その結果、それらはヘマトキシリンによって激しく染色されておらず、顕微鏡下で明るい色に見えます。
ヘマトキシリンが核を選択的に染色する能力は、組織の研究である組織学の重要なツールです。科学者は細胞の核を視覚化し、その構造と機能を研究することができます。