基質と結合する酵素の部分は、活性部位と呼ばれます。活性部位は、酵素が実行する化学反応を触媒する原因となる酵素の特定の領域です。活性部位には、基質と相互作用し、反応を促進するアミノ酸残基が含まれています。これらのアミノ酸残基は、基質を補完するポケットまたは裂け目を作成するための特定の方法で配置されています。基質は、水素結合、イオン結合、ファンデルワールス力、疎水性相互作用など、さまざまな種類の相互作用を通じて活性部位に結合します。基質の活性部位への結合は、酵素の立体構造変化を誘発し、酵素の触媒基を基質との近接にします。これにより、酵素は化学反応を触媒し、基質を産物に変換できます。