1。タンパク質：
* アミノ酸配列： 相同タンパク質（祖先と共有されたタンパク質）のアミノ酸配列を比較すると、進化的関係が明らかになる可能性があります。これは、変異が時間の経過とともに蓄積し、種間のアミノ酸配列に違いをもたらすためです。
* タンパク質構造： タンパク質の3次元構造も有益です。 同様のタンパク質構造は、多くの場合、共有された進化の歴史を反映しています。
2。炭水化物：
* 多糖の構造： タンパク質やDNAよりも一般的にはあまり使用されていませんが、特に密接に関連する種間の関係を研究するために、複雑な炭水化物の構造（細胞壁に含まれるような）は有益です。
3。脂質：
* 脂肪酸組成： 膜内の脂肪酸の組成は、特に細菌と古細菌の間で進化的関係を研究するために使用できます。
4。代謝物：
* 代謝経路： 代謝に関与する酵素と経路を比較すると、進化的なつながりが明らかになる可能性があります。同様の代謝経路を持つ生物は、より密接に関連している可能性があります。
5。小分子：
* 二次代謝産物： これらは、必須の代謝プロセスに直接関与していないが、しばしば防御、シグナル、またはその他の機能に役割を果たすことが多い生物によって生成される小分子です。 特定の二次代謝産物の有無を使用して関係を推測できます。
考慮すべき要因：
* 進化率： 異なる分子は異なる速度で進化します。 たとえば、DNAは比較的ゆっくりと進化しますが、タンパク質はより迅速に進化する可能性があります。分子の選択は、調査対象の進化的関係の時間スケールに適している必要があります。
* データの可用性： 問題の分子の配列または構造データの可用性は、分析に不可欠です。
* 相同性： 比較されている分子が本当に相同であることを確認することは、正確な進化的推論には重要です（共通の祖先を共有）。
異なる分子データソースの組み合わせを使用すると、進化的関係について最も堅牢で包括的な理解が得られることに注意することが重要です。このアプローチは、系統発生学として知られています 、各タイプの分子の強度を活用して、より正確で詳細な進化ツリーを作成します。
