1。形態の多様性の欠如： 他の多くの生物とは異なり、細菌は比較的限られた形態学的変動を示します。多くの種が同様の形状（cocci、bacilli、spirilla）を共有しているため、視覚識別は信頼できません。
2。水平遺伝子導入： バクテリアは、共役、変換、形質導入などのメカニズムを通じて遺伝物質を容易に交換します。この水平遺伝子導入により、遺伝子は無関係な種間で伝達される可能性があるため、トレースの進化的関係が複雑になります。
3。高レベルの遺伝的多様性： 細菌には非常に多様なゲノムがあります。密接に関連する種でさえ、分類のラインを曖昧にして、重要な遺伝的違いを持つ可能性があります。
4。文化が難しい： 多くの細菌種は、実験室で培養するのが困難または不可能です。これにより、彼らの特徴と関係を研究することが困難になります。
5。急速な進化： 細菌は、特に選択的圧力の下で急速に進化します。この急速な進化は、新しい種の出現や既存の種の多様化につながり、分類の取り組みを複雑にします。
6。化石記録の欠如： 細菌は顕微鏡であり、硬い部分がないため、意味のある化石記録を取得することは非常に困難です。これは、彼らの進化の歴史の理解を制限します。
7。分子技術への依存： 現代の細菌分類は、DNAシーケンスやリボソームRNA分析などの分子技術に大きく依存しています。これは高価で時間がかかる可能性があるため、広く使用することは困難です。
8。分類システムの変更： 細菌の理解が向上するにつれて、分類システムは常に進化しています。これは、細菌の命名と組織における混乱と矛盾につながる可能性があります。
9。生態学的な考慮事項： 多くの細菌種は、環境に非常に特化しています。これにより、従来の実験方法に基づいて分類することが困難になり、生態学的要因の考慮が必要です。
10。 細菌の「暗い物質」： バクテリアの大部分は実験室で栽培することはできません。これは、私たちが彼らの多様性と人間関係についてほとんど知らないことを意味し、細菌の世界のかなりの部分が分類されていないことを意味します。
これらの課題は、細菌の分類の複雑さを強調し、新しい技術とアプローチの継続的な研究開発の必要性を強調しています。
