* ミトコンドリア: これらのオルガネラは、細胞呼吸とエネルギー生産の原因です。彼らは、細胞の核DNAとは別の独自のDNAと、細菌に見られるものに似たリボソームを持っています。これは、ミトコンドリアがかつてより大きな細胞に包まれていた自由生活細菌であったことを示唆しています。
* 葉緑体: これらのオルガネラは、植物や藻類の光合成の原因です。彼らはまた、細菌に見られるものと類似した独自のDNAとリボソームを持っています。これは、葉緑体がかつてより大きな細胞に包まれていた自由生活のシアノバクテリアであったことを示唆しています。
内共生理論は、これらのオルガネラがかつてより大きな細胞に包まれ、最終的に宿主細胞に統合された自由生活の原核生物であったことを提案しています。 DNA、リボソーム、およびそれらの膜の観点からのこれらのオルガネラと細菌の類似性は、この理論を強く支持しています。