1。再結合頻度：
* 原則： 減数分裂中の2つの遺伝子間の組換えの頻度は、それらの間の距離に直接比例します。 さらに離れた遺伝子があればあるほど、交差することによって分離される可能性が高くなります。
* 方法：
*問題の2つの遺伝子について、異なる対立遺伝子を持つ個人間の交差から子孫を分析します。
*組換え遺伝子型（両親とは異なる対立遺伝子の組み合わせ）がある子孫の割合を計算します。
*組換え頻度をマップユニット（センチモルガン、cm）に変換します。1cmは1％の組換え頻度を表します。
* 制限： この方法は、比較的近い（通常は50 cm未満）遺伝子にのみ有効です。
2。物理マッピング：
* 原則： この方法では、染色体上の遺伝子間の物理的距離を直接決定することが含まれます。
* メソッド：
* 制限フラグメント長多型（RFLP）： DNA配列の違いを使用して、特定の遺伝子を追跡するために使用できるDNAフラグメントのユニークなパターンを作成します。
* DNAシーケンス： DNAの正確なヌクレオチド配列を決定し、遺伝子間の距離の正確な測定を可能にします。
* クローンマッピング： DNAの重複したクローン断片を使用して、染色体の物理マップを作成します。
* 利点： 組換え頻度よりも正確な測定値を提供し、遠く離れている遺伝子に使用できます。
* 制限： 組換え周波数マッピングよりも時間がかかり、高価になる可能性があります。
3。リンケージの不均衡（LD）：
* 原則： この方法では、異なる遺伝子座の対立遺伝子の非ランダム関連を使用しています。
* 方法：
*母集団の対立遺伝子変動のパターンを調べます。
* 2つの遺伝子座の間のLDが強いほど、それらは染色体に近づく可能性があります。
* 利点： 遺伝子を遠くにマッピングするために使用でき、ゲノム全体のデータセットに適用できます。
* 制限： LDパターンは、人口の歴史や選択など、物理的な距離以外の要因に影響を与える可能性があります。
4。比較ゲノミクス：
* 原則： さまざまな種のゲノムを比較して、保存されたシンテニーの領域を特定します（同様の遺伝子秩序と方向）。
* 方法： 関連生物のゲノムを整列させて比較すると、類似性の領域が明らかになり、潜在的な遺伝子位置を特定できます。
* 利点： 遺伝子間の遠い関係を識別するために使用できます。
* 制限： 異なる種の完全なゲノム配列の利用可能性によって制限されます。
要約すると、科学者はこれらの方法の組み合わせを使用して、各手法の利点と制限を考慮して、遺伝子間の距離を決定します。
