これは、2つの主要なカテゴリにつながります。
* レンティックエコシステム： これらは、静止またはゆっくりと動く水によって特徴付けられます 、湖、池、湿地など。
* ロットエコシステム： これらは、流れる水によって特徴付けられます 、川、小川、スプリングなど。
流れが主な要因ですが、他の要因も次のような淡水生態系を形作るのに役立ちます。
* 水深： これは、光の浸透、温度、酸素の利用可能性に影響します。
* 栄養レベル： これらは、繁栄できる植物や動物の種類に影響を与えます。
* 水温： これは、生物学的プロセスの速度に影響します。
* 基板タイプ： 生態系の底（例：砂、岩、泥）は、そこに住むことができる生物の種類に影響を与えます。
