* 微生物： これには、細菌、古細菌、および多くの種類の菌類と原生生物が含まれます。 これらの生物の純粋な多様性と急速な進化により、分類が困難になります。 メタゲノミクスのような新しいテクニックは、彼らの関係に光を当てていますが、まだ多くは不明です。
* 絶滅生物： 化石の場合、生物の分類はしばしば限られた証拠に基づいています。完全な骨格の欠如、軟部組織の保存、および新しい種の絶え間ない発見はすべて、不確実性に寄与します。
* 最近発見された生物： 特に遠隔地や極端な環境で、多くの新種が発見されています。 十分なデータを収集し、徹底的な分析を実行して、生命の木への適切な配置を決定するのに時間がかかります。
* 複雑なライフサイクルの生物： 寄生虫や特定の無脊椎動物などの一部の生物は、ライフサイクル中に大幅な変換を経験しています。これにより、彼らの関係を理解し、単一の段階に基づいて分類することが難しくなります。
* あいまいな特性を持つ生物： 時々、生物は、従来の分類間の境界を曖昧にする特徴を示すことがあります。 これは、無関係な生物が同様の特性を進化させる収束進化によるものである可能性があります。
不確実な分類の特定の例は次のとおりです。
* 真核細胞の起源： 古細菌と真核生物の関係はまだ議論されており、真核生物の核の起源は謎のままです。
* 特定の細菌の配置： 細菌の分類は、新しい遺伝情報が利用可能になるにつれて常に修正されています。 候補門の「PVC」（plantcomycetes、verrucomicrobia、chlamydiae）のような一部のグループは、他の細菌とまだ不確実な関係を持っています。
* 菌類の異なるグループ間の関係： AscomycotaとBasidiomycotaへの伝統的な菌類の部門は、ますます単純すぎると見なされており、糸球体のような新しいグループは、真菌の進化の理解に挑戦しています。
分類は動的なプロセスであることを覚えておくことが重要です。新しい情報が収集され、技術が改善されるにつれて、生物間の関係についての理解は進化し続けます。
