主要な段階の有酸素呼吸が起こるミトコンドリオンの2つの領域に名前を付けます。

* マトリックス： これは、内膜に囲まれたミトコンドリアの内部コンパートメントです。マトリックスは、 krebsサイクルです （クエン酸サイクルとも呼ばれます）が行われます。これは、解糖からのピルビン酸が二酸化炭素に酸化され、ATPとNADHやFADH2などの電子キャリアを産生する有酸素呼吸の第2段階です。

* 内側のミトコンドリア膜： この膜はクリスタに高度に折りたたまれており、その表面積が大幅に増加します。 電子輸送チェーンの位置です および酸化的リン酸化 、有酸素呼吸の3番目の最終段階。ここでは、NADHとFADH2の電子がタンパク質複合体の連鎖に沿って通過し、膜を横切ってプロトンをポンピングするために使用されるエネルギーを放出し、プロトン勾配を作成します。この勾配は、ATPシンターゼによって使用され、セルの主要なエネルギー通貨であるATPを生成します。

したがって、マトリックスと内側のミトコンドリア膜は、有酸素呼吸のエネルギー生産プロセスの重要なプレーヤーです。